Если это предположение верно, получается, что показатели женского рода в индоевропейских языках выделились значительно позднее, чем среднего рода. А я-то считала средний род дополнительным...

Отсюда:

Предполагается, что категория рода в протоиндоевропейском первоначально выражалась противопоставлением существительных активного и инактивного классов. Активный класс, имевший показатель -s, обозначал лица и предметы, которые могли сами производить определенные действия (то есть, могли быть субъектами), а инактивный, имевший показатель -m, - предметы и явления, которые сами действовать не могли, а лишь могли испытывать на себе результат действия чужого действия.

Во фразах, в которых одновременно наличествовали субъект и объект, субъект, понятное дело, был представлен существительным активного класса, а объект, дабы показать его пассивность, маркировался показателем -m, вне зависимости от того, к какому классу относилось существительное, ставшее в предложении объектом. Так возникло противопоставление именительного и винительного падежей.

Таким образом, существительные активного класса в роли субъекта (в именительном падеже) имели окончание -s, а в роли объекта (в винительном падеже) - -m. Существительные же инактивного класса оканчивались на -m как в номинативе, так и в аккузативе. Отсюда берет начало та самая особенность существительных среднего рода: форма винительного падежа у таких существительных совпадает с формой именительного (ср. в латыни у мужского рода им.п. -us → вин.п. -um, у среднего рода им.п. -um → вин.п. -um).

Позже из активного класса на -s выделяются существительные, у которых конечное -s исчезало по фонетическим причинам. Насколько я помню, это были существительные с основой на ларингал, которые изменял предшествующий гласный в -a. Так женский род выделился из общего (в прошлом - активного), и стал противопоставляться мужскому (сначала чисто по формальным показателям, а затем уже и по смыслу). Двухродовая система таким образом сменилась трёхродовой.